home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00138 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  30 lines
  1. ****************************************
  2. * ATP synthase gamma subunit signature *
  3. ****************************************
  4.  
  5. ATP synthase (proton-translocating ATPase) (EC 3.6.1.34) [1,2]  is a component
  6. of the cytoplasmic membrane of eubacteria, the inner membrane of mitochondria,
  7. and the thylakoid membrane of chloroplasts.  The ATPase complex is composed of
  8. an oligomeric transmembrane sector, called CF(0), and a catalytic core, called
  9. coupling factor  CF(1).  The  former  acts  as a proton channel; the latter is
  10. composed of  five  subunits,  alpha,  beta,  gamma, delta and epsilon. Subunit
  11. gamma is believed to be important in regulating  ATPase  activity and the flow
  12. of protons  through the CF(0) complex.  The best conserved region of the gamma
  13. subunit [3] is its C-terminus  which  seems  to  be essential for assembly and
  14. catalysis.  As a  signature pattern to detect ATPase gamma subunits, we used a
  15. 14 residue conserved segment  where the last  amino acid is found one to three
  16. residues from the C-terminal extremity.
  17.  
  18. -Consensus pattern: [IV]-T-x-E-x(2)-E-x(3)-G-A-x-[SAK]
  19. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  20.  for pea chloroplast gamma.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Bacteroides nodosus clpB.
  22. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  23.  
  24. [ 1] Futai M., Noumi T., Maeda M.
  25.      Annu. Rev. Biochem. 58:111-136(1989).
  26. [ 2] Senior A.E.
  27.      Physiol. Rev. 68:177-231(1988).
  28. [ 3] Miki J., Maeda M., Mukohata Y., Futai M.
  29.      FEBS Lett. 232:221-226(1988).
  30.